Historia parafii pw. św. Jana Chrzciciela w Przemęcie jest ściśle związana z działalnością zakonu cystersów, którzy odegrali ogromną rolę w rozwoju miejscowości oraz całego regionu. Początki wspólnoty parafialnej sięgają średniowiecza. W XIII wieku książę Władysław Odonic sprowadził cystersów na ziemię przemęcką, przekazując im rozległe dobra. Zakonnicy początkowo osiedlili się w Wieleniu, jednak w 1418 roku przenieśli swoją siedzibę do Przemętu, gdzie znajdował się już kościół oraz zabudowania klasztorne. Od tego momentu miejscowość stała się ważnym ośrodkiem życia religijnego i gospodarczego.
Przez kolejne stulecia cystersi prowadzili intensywną działalność duszpasterską, edukacyjną i gospodarczą. Dbali o rozwój okolicznych wsi, zakładali stawy rybne, młyny i folwarki, a także przyczyniali się do rozwoju rolnictwa. Ich działalność wykraczała daleko poza życie zakonne – wspierali mieszkańców, organizowali pomoc potrzebującym i szerzyli kulturę chrześcijańską. Dzięki ich pracy Przemęt zyskał znaczenie jako jeden z najważniejszych ośrodków cysterskich w Wielkopolsce.
W XVII wieku rozpoczęto budowę nowego, reprezentacyjnego kościoła klasztornego. Kamień węgielny położono w 1651 roku, jednak prace zostały przerwane przez wojnę ze Szwecją. Budowę wznowiono dopiero kilkadziesiąt lat później, a ukończona świątynia stała się jednym z najpiękniejszych przykładów architektury barokowej w regionie. Bogate wyposażenie wnętrza, liczne ołtarze i dzieła sztuki świadczyły o znaczeniu przemęckiego opactwa oraz zamożności zakonu.
Przełomowym momentem w dziejach parafii był początek XIX wieku. Po zajęciu tych terenów przez państwo pruskie rozpoczęto likwidację klasztorów. W 1805 roku funkcje parafialne przejął kościół św. Jana Chrzciciela, natomiast w 1835 roku nastąpiła ostateczna kasata opactwa cysterskiego. Mimo rozwiązania klasztoru parafia nadal pełniła ważną rolę w życiu mieszkańców, a dawny kościół klasztorny stał się świątynią parafialną.
W XIX i XX wieku parafia rozwijała się mimo licznych trudności związanych z zaborami, wojnami światowymi i zmianami politycznymi. Prowadzono prace remontowe i konserwatorskie, które pozwoliły zachować cenny zabytek dla kolejnych pokoleń. Wspólnota parafialna angażowała się w życie religijne, społeczne i patriotyczne, a kościół pozostawał miejscem modlitwy oraz ważnych wydarzeń dla mieszkańców Przemętu i okolic.
Obecnie parafia pw. św. Jana Chrzciciela obejmuje nie tylko Przemęt, lecz także kilka okolicznych miejscowości. Kontynuuje wielowiekową tradycję zapoczątkowaną przez cystersów, organizując życie religijne, działalność charytatywną oraz wydarzenia integrujące lokalną społeczność. Zabytkowy kościół, dawne zabudowania klasztorne i bogate dziedzictwo historyczne sprawiają, że parafia jest jednym z najważniejszych miejsc na Szlaku Cysterskim w Polsce.
